Memarlıq və Mühəndislik fakültəsi

İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültəsi

Tibb fakültəsi

Pedaqoji fakültə

Təbiətşünaslıq və Kənd Təsərrüfatı fakültəsi

Xarici Dillər fakültəsi

Beynəlxalq Münasibətlər və Hüquq fakültəsi

Fizika-Riyaziyyat fakültəsi

Tarix-filologiya fakültəsi

Magistratura və Doktorantura Mərkəzi

Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Dövlət Texniki Kolleci

Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Dövlət Tibb Kolleci