Memarlıq və Mühəndislik fakültəsi
İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültəsi
Tibb fakültəsi
Pedaqoji fakültə
Təbiətşünaslıq və Kənd Təsərrüfatı fakültəsi
Xarici Dillər fakültəsi
Beynəlxalq Münasibətlər və Hüquq fakültəsi
Fizika-Riyaziyyat fakültəsi
Tarix-filologiya fakültəsi
Magistratura və Doktorantura Mərkəzi
İncəsənət fakültəsi
Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Dövlət Texniki Kolleci
Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Tibb Kolleci
İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültəsi (2-ci korpus)